漆黑的夜空中，一艘海盗船骤然对商船发动了袭击，海盗们的目标不是掠夺财物，而是寻找一名叫希达（横泽启子配音）的少女。此时，希达正被军方软禁，在混乱中她击昏了在请求援兵的穆斯卡（寺田农配音），并取回了自己被夺去的项链。这时海盗攻了进来，希达在逃跑中不小心从商船坠落下来，就在下坠时，希达项链上的宝石放出耀眼的光芒，神秘的力量使希达缓缓的漂向地面。 在矿场上一个叫帕祖（田中真弓配音）的少年接下希达，并将希达带回家中。希达在帕祖的房中发现了一张天空之城的照片，帕祖告诉她那是他父亲拍到的天空之城拉普达的照片，但没有人相信，他立志要找到拉普达证明给人看。很快，海盗们又发现了希达，帕祖和希达搭上一辆矿车逃走，海盗们紧追不舍，路上碰到了军方的装甲列车，装甲列车开火将海盗打的落荒而逃，却同时将桥击碎，帕祖和希达从桥上坠下，半空中希达的宝石又发挥了神秘的力量，保护他们安全落入矿井中。在废旧的矿洞中他们碰到了汤姆爷爷，汤姆爷爷认出希达所带的宝石是飞行石，只有天空之城中拉普达人才能做的出来，而希达此时也说出了自己的另一个名字：罗希达·多耶鲁·乌鲁·拉普达。