全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年──。超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。文明が滅んだ石の世界ストーンワールドを前に、千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる『武力帝国』が立ちはだかる。人類の浄化を目指し、強大な武力によって科学の発展を阻止しようとする司。科学vs武力の戦いは激闘の末、千空たち科学王国が優勢となり、両国は遂に和解する。仲間の謀反によってコールドスリープ状態になった司、そして、全人類を復活すべく、科学王国は石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！世界に飛び出て石化の謎を解き明かす！石の世界ストーンワールド大航海時代がついに開幕する──!!